А что, нельзя так делать?

ВЫБРАТЬ
    ЗаказКлиента.Ссылка КАК Ссылка,
    ЗаказКлиента.Товары.(
        Номенклатура КАК Номенклатура
    )
ИЗ
    Документ.ЗаказКлиента КАК ЗаказКлиента
ГДЕ
    ЗаказКлиента.Ссылка = &Ссылка
    И НЕ ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура В
                (ВЫБРАТЬ
                    ПеремещениеТоваровТовары.Номенклатура
                ИЗ
                    Документ.ПеремещениеТоваров.Товары КАК ПеремещениеТоваровТовары
                ГДЕ
                    ПеремещениеТоваровТовары.Ссылка.ДокументОснование = &СсылкаПеремещение)

Выборка происходит без учета
И НЕ ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура В
                (ВЫБРАТЬ
                    ПеремещениеТоваровТовары.Номенклатура
                ИЗ
                    Документ.ПеремещениеТоваров.Товары КАК ПеремещениеТоваровТовары
                ГДЕ
                    ПеремещениеТоваровТовары.Ссылка.ДокументОснование = &СсылкаПеремещение)

??

не рекомендуется, а что?

(0) а если скобки добавить, что будет?
И НЕ (ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура В ...)

(0) И НЕ ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура В (&Массив или &СписокЗначений) В вашем запросе ни то ни другое

(2) - будет тоже самое, как будто без условия
(3) - дело вот в чем - если бы ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура
была бы не вложенная табличная часть, а как таблица - то все работает...

(0) Пройди пожалуйста этот тест и скриншот с резуьлтом в студию. Не вздумай подделать!
http://mtests.ru/tests/ability/test-na-logiku/

Что все притихли? Осиливаем тест на логику? Там настоящая логика, это вам не 1с.

(6) - исключительно из уважения к старожилам:
http://s018.radikal.ru/i512/1707/ad/6d3814fc7e21.png

(7) Ну вот, вот ваша ошибка в "НЕ В". На хрена НЕ? Пишите чистый код!

Высокоуровневые языки программирования заточены для человеческой логики. На уровень Ассемблера не опускайтесь, в среде адинэснегов это западло.

И забудьте, что перевод с двоичного кода писали тоже люди, а не инопланетяне.

(0) Что должен по-твоему возвращать запрос?

(4) >>если бы ЗаказКлиента.Товары.Номенклатура
была бы не вложенная табличная часть, а как таблица - то все работает...

Ну и нахрен было так писать?

(0) в общем в этой ТЧ у вас есть номенклатура, которая не В списке. А раз эта номенклатура есть, значит вся ТЧ попадет. В вашем запросе только 2 варианта возможны: или вся ТЧ или ничего.