При попытке пометить на удаление документов, где используется организация выходит сообщение об ошибке "Не удалось записать 'Реализация с/х продукции 002...'" и сообщение "Документ более не используется в конфигурации, изменения запрещены".

начни с того,что это отраслевка.Какая?

Пробовали групповое изменение с ОбменДанными.Загрузка = Истина?

(1) Бухгалтерия с/х предприятия

(0) Почитай ЖР

А что он имеет движения?

(0) где-то в сети видел в свободном доступе обработку "Удаление данных по организации". Есть версии как для ОФ, так и для УФ. Вроде пока "осечек" не было. Удаляет все связанные данные

(6) Там беда может быть из-за закрытых модулей.пусть конечно попробует

(7) декомпилировать?

(6) поддерживаю, пользовался не раз, отлично работает.

(8) 3?А сможешь?

Если есть подписка то проще написать им

(8) мне кажется в этом нет проблем, только делать это надо на тестовой базе и обязательно после бекапа.