Добрый день.
Есть запрос, который в консоли работает.

ВЫБРАТЬ
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Свойство КАК Свойство,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоПриход КАК КоличествоПриход,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаПриход КАК СуммаПриход,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоРасход КАК КоличествоРасход,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаРасход КАК СуммаРасход,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Период КАК Период,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаОборот КАК СуммаОборот,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоОборот КАК КоличествоОборот,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстаток КАК КоличествоНачальныйОстаток,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток КАК КоличествоКонечныйОстаток,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток КАК СуммаНачальныйОстаток,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток КАК СуммаКонечныйОстаток
ПОМЕСТИТЬ ВТ_Регистр
ИЗ
    РегистрНакопления.Себестоимость.ОстаткиИОбороты({(&НачалоПериода)}, {(&КонецПериода)}, Регистратор, , ) КАК СебестоимостьОстаткиИОбороты

При помещении его в СКД, он меняется и становится вот таким:

ВЫБРАТЬ
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.Свойство КАК Свойство,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.КоличествоПриход КАК КоличествоПриход,
    СебестоимостьОстаткиИОбороты.СуммаПриход КАК СуммаПриход
ПОМЕСТИТЬ ВТ_Регистр
ИЗ
    РегистрНакопления.Себестоимость.ОстаткиИОбороты(, , Регистратор, , ) КАК СебестоимостьОстаткиИОбороты

Это я из консоли СКД выдрал.
Никак не пойму какого лешего он режет нужные мне поля.
Поясните, пожалуйста, как обойти ситуацию.

Добавить нужные поля в настройках

Проблема только с полями СуммаРасход, КоличествоРасход.

(в выбранные поля)

или сделай их обязательными

(2) наверно забыли потом выбрать эти поля в настройках. В конечный запрос только выбранные поля попадают.

Это только первая временная таблица. Дальше идет еще несколько таблиц и соединений. И в Настройках этих полей нет - никаких из этих полей

В выбранных полях тоже нет.

(6) а они дальше используются?

Конечно используются, на их основании дальше расчеты производятся.

и в выбранных полях как раз расчетных поля и присутствуют.

На закладке Компоновка данных я пробовал выбирать нужные мне поля, но толку не дало.

продуть кэш пробовал?

Короч Вложенный запрос решил проблему, но чет как то это не кошерно...
(12)Да

(13) у меня работает и без вложенных