Подскажите как поправить. К меня УТ 10.3 в ней создал новый документ Маршрутный лист (делается на основании реализации), с эти все хорошо  и если посмотреть подчиненность начиная с заказа все прекрасно показывается. Но вот на основании маршрутного листа вводим РКО и не видим его в общей структуре подчиненности от заказа, и не Маршрутном листе (связанные документы).

Продолжайте наблюдение.

(1) Вопрос был. - "Подскажите как поправить"

(0) расставь галочки в критерии отбора СвязанныеДокументы

(3) все галки стоят

(2) В русском языке вопросительные предложения заканчиваются соответствующим знаком.

(0) Делал свой документ в БП 2.0, пришлось дорабатывать в коде и добавлять типы

Так что ковыряйте отладчиком

(0) Видимо в маршрутном листе есть ссылка на заказ, а в РКО ссылки на маршрутный лист нет.

(8) как это проще реализовать?

Очевидно добавить ссылку.

(10) в каком именно месте у РКО это сделать?

(11) ДокументОснование попробуйте

(12) в РКО в реквизите ДокументОснования добавил Маршрутный лист, но ничего так и не изменилось(

(13) надо туда еще значение записывать

(14) в каком именно месте у РКО это сделать?

(15) в каком хотите месте. Это же обычный реквизит.

(15) Обычно в модуле объекта (РКО) в процедуре заполнения по основанию.

(17) добавил в процедуру вот такой кусок
    // дописка
    Если ТипЗнч(Основание) = Тип("ДокументСсылка.псМаршрутныйЛист") Тогда
        ЗаполнениеДокументов.ЗаполнитьШапкуДокументаПоОснованию(ЭтотОбъект,Основание);
        Дата = Основание.Дата;
        ДокументОснования = Основание;
    КонецЕсли;
    // дописка --
работает

(18) Неудивительно.
Вы намеренно ставите дату РКО = дате основания? Мне кажется, "православно" дату оформлять по факту.