|Период с НачДата по КонДата;
|Номенклатура = Регистр.ОстаткиТМЦ.Номенклатура;
|Количество = Регистр.ОстаткиТМЦ.Количество;
|Функция КолКонОст = КонОст(Количество);
|Группировка Номенклатура;

Какое добавить условие в запросе, чтобы в результате были только отрицательные остатки?

|Условие(КолКонОст < 0); не канает

Перебор строк запроса после выполнения тоже не канает, т.к. запрос чуть сложенее и нужны итоги по группировкам

2(0) Сделать два запроса: первым отобрать список номенклатуры с отрицательными остатками, вторым собрать итоги с фильтром по полученному списку.

Еще вариант: использовать "прямые запросы".

У меня канает

    ТекстЗапроса =
    "//{{ЗАПРОС(Сформировать)
    |Товар = Регистр.ОстаткиТоваров.Товар;
    |Склад = Регистр.ОстаткиТоваров.Склад;
    |ОстатокТовара = Регистр.ОстаткиТоваров.ОстатокТовара;
    |Функция ОстатокТовараКонОст = КонОст(ОстатокТовара);
    |Группировка Склад Без Групп;
    |Группировка Товар Без Групп;
    |Условие(ОстатокТовара < 0);
    |"//}}ЗАПРОС

Твой вариант:
|Условие (Количество<0);

(3) Если в регистре есть еще какие измерения (партия, и тому подобное) получится несколько не то, что (0) хотел.

(0) Есть еще вариант фильтрации при выводе.

(0)
|условие Запрос.КолКонОст<0

Но, это не всегда верно, и лучше, так не делать.

(3) хня написана. Есу нужно отрицательный остаток, а не значение ресурса.

(8) Что ж ты такой злой? При структуре регистра типа ОстаткиТМЦ из ТиС и отсутствии розницы метод вполне канает.

(9) что именно канает ?

В ОстаткахТМЦ, например, измерения Фирма, Склад, Номенклатура, ЦенаПрод. Если нет розницы и не может возникнуть пересорт по цене продажи, фильтр "Условие (Количество<0);" вполне может решить задачу (0). А может и не решить, если (0) не интересует возможный "пересорт" в разрезе складов и фирм.

(11) подумай, каким х..ом количество будет отрицательным ? И что такое остаток.

И, как он считается, если не на дату ТА.

С внешней функцией
Функция ОтрицОст(Товар, Склад)
    Ост = Регистр.ОстаткиТоваров.СводныйОстаток(Товар, Склад, "ОстатокТовара");
    Возврат ?(Ост<0,Ост,0);
КонецФункции

Процедура Сформировать()
    Перем Запрос, ТекстЗапроса, Таб;
    //Создание объекта типа Запрос
    Запрос = СоздатьОбъект("Запрос");
    ТекстЗапроса =
    "//{{ЗАПРОС(Сформировать)
    |Товар = Регистр.ОстаткиТоваров.Товар;
    |Склад = Регистр.ОстаткиТоваров.Склад;
    |ОстатокТовара = Регистр.ОстаткиТоваров.ОстатокТовара;
    |Функция ОстатокТовараКонОст = КонОст(ОстатокТовара);
    |Функция ОстатокТовараЫ = Сумма(ОтрицОст(Товар,Склад));
    |Группировка Склад Без Групп;
    |Группировка Товар Без Групп;
    |"//}}ЗАПРОС
    ;
Картинка результатов:
https://i.paste.pics/2adf0195d4559efe52182c9a029949c5.png

Отбор можно выполнить в цикле по Запросу.

С отбором
https://i.paste.pics/0404a507e8579a2ade3599ab841d4d7e.png

(0) regprint.ert