Запросом выбираю записи РС, далее:

НаборЗаписей.Загрузить(РезультатЗапроса.Выгрузить());
НаборЗаписей.Очистить();
НаборЗаписей.Записать();

При попытке записать вываливается ошибка:

"Конфликт блокировок при выполнении транзакции".
Регистр не периодический, регистратору не подчинен.

В чем причина ошибки?

(0) + В монопольном режиме

Можно увидеть весь код процедуры?

А зачем загружать и очищать сразу после этого?

посмотрите подписки на события, мб там что-то

(2) НаборЗаписей = РегистрыСведений.ГрафикиРаботы.СоздатьНаборЗаписей();
    Сч = 1;    
    Пока Истина Цикл
        ОбработкаПрерыванияПользователя();        
        
        Запрос = Новый Запрос;
        Запрос.Текст =
        "ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1000
        |    ГрафикиРаботы.ГрафикРаботы,
        |    ГрафикиРаботы.Месяц,
        |    ГрафикиРаботы.План,
        |    ГрафикиРаботы.ВидУчетаВремени,
        |    ГрафикиРаботы.Дата
        |ИЗ
        |    РегистрСведений.ГрафикиРаботы КАК ГрафикиРаботы
        |ГДЕ
        |    ГрафикиРаботы.Дата > &Дата";
        
        Запрос.УстановитьПараметр("Дата", Дата(2016,12,31));
        
        РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить();
        Если РезультатЗапроса.Пустой() Тогда
            Прервать;
        КонецЕсли;    
        
        НаборЗаписей.Загрузить(РезультатЗапроса.Выгрузить());
        НаборЗаписей.Очистить();
        НаборЗаписей.Записать();
        Сообщить(Сч);
        Сч = Сч +1;    
    КонецЦикла;

(3) Все сразу не получается - не хватает памяти.

(5) я к тому, что отбор же не устанавливается? и затрутся в любом случае все записи.
Ну, если верить синтаксис помощнику и здравому смыслу.

(4) У Вас это откуда запускается?

(4) Фоновое задание не используется?

(4) А ты понимаешь, что этот код делает?

(6) Я почему-то был уверен, что отбор применяется только в момент чтения, а записывается соответственно то, что попало в отбор.

(8) Запускается из толстого клиента, фоновые задания отключены.

Ок, тогда вопрос: как удалить записи РС порциями при том, что критерий отбора находится в диапазоне?

(11) Пришло время Вам научиться пользоваться технологическим журналом...

(12) Используй менеджер записи.

(12) Вариант 1: поштучно удалять из базы.
Вариант 2: большим отбором, покрывающим все записи с запасом, прочитать данные, удалить лишние, записать.

(10)"Я почему-то был уверен, что отбор применяется только в момент чтения, а записывается соответственно то, что попало в отбор." - где у тебя в коде хоть раз используется слово "отбор"?