Если ручными проводками как тогда например с 68.04.2 быть который в паре с 09 и 77 как пример

Смотреть, что идет в корреспонденции. А вобще "Начальные остатки" - они от того и начальные, что вводятся в корреспонденции с 000 счетом. Если остатки верные - обороты по 000 счету закроется и сальдо не будет

(1) в инструкциях про 68, 69 не нашел везде сразу после взаиморасчетов идет ввод остатков по 97 счету

(0) Так и не понял чем не устраивает ручная проводка?

(3) а как 07 с 00 счетом и 68.04.02 тоже с 00 ? также и с 77? и остальными счетами?
Вот нашел документ "Расчеты по налогу на прибыль" с признаком ввод остатков, но как им вводить?

(4) А разве счет 000 обязателен? Так и сделать проводку 77-68.04.02, например.

(5) а по остальным счетам как? инструкция существует для ввода остатков а УПП?

(5) по 000 можно понять, что это ввод остатков, а не реальный оборот между счетами. Очень помогает потом при формировании отчетов типа анализ счета и т.п.
(6) на синем форуме есть публикация где всё описано

(7) на инфостате?

так если все проводками вбить зачем тогда документ "Расчеты по налогу на прибыль" с признаком ввод остатков?

кстати а на ввод начальных остатков по ПР ВР он мне потом тоже в 09  77 нарисует (задвоит)? или подобную операцию пропустит?

регистры при операциях с 69 68 не задействованы?

(8) Да, там.
По НДС точно задействованы регистры, про прибыль не могу сказать - надо посмотреть в движениях. У меня УПП под руками нет.
По пенсионным счетам и НДФЛ могут быть подводные камни при формировании отчетности, вроде там подушно надо указывать остатки на начало периода.

(8) "зачем тогда документ..." - F1 нажми, находясь в документе :)

"Ввод начальных остатков в 1С:УПП"
http://vnedriupp.ru/stat/?ELEMENT_ID=8306