Делаю обработку через создание связанных объектов. На сервере создаю документ, заполняю его запросом, записываю и возвращаю ссылку, потом передаю на клиент и вывожу документ

&НаКлиенте
процедура ВыполнитьКоманду(ИдентификаторКоманды, ОбъектыНазначенияМассив, СозданныеОбъекты)  экспорт

СсылкаНаДокумент=ЗаполнениеОбъекта();
ОткрытьЗначение(СсылкаНаДокумент);

конецпроцедуры

В принципе все ок, но если нужно будет вывести несколько документов(по каждой организации), как мне это можно реализовать?

Точно так же. ТОлько возврашай не один документ, а несколько

(1) А как? Засунуть документы в массив?

Кактотак

с н=1 по 5 цикл
СсылкаНаДокумент=ЗаполнениеОбъекта();
ОткрытьЗначение(СсылкаНаДокумент);
конеццикла

(2) У тебя есть другие варианты? варинат (3) не рассматриваем...

(4) А можешь, пожалуйста, подсказать, как это реализовать?

(4) или есть какой-нибудь материал почитать по этой теме?

(6) по массивам? СП почитай

(6)Есть. Синтаксис помощник.

Массив (Array)
Добавить (Add)
Синтаксис:

Добавить(<Значение>)
Параметры:

<Значение> (необязательный)

Тип: Произвольный.
Добавляемое значение. Если не указан, то будет добавлено значение типа Неопределено.
Описание:

Добавляет элемент в конец массива.

Доступность:

Тонкий клиент, веб-клиент, сервер, толстый клиент, внешнее соединение, мобильное приложение(клиент), мобильное приложение(сервер).
Примечание:

При добавлении количество элементов массива увеличивается на 1.
Пример:

Массив.Добавить("Первый");
Массив.Добавить("Второй");

(5) Нужно заставить себя немного подумать...

1. Создаешь объект Массив
2. Создаешь Цикл внутри которого создаешь документы и эти самые документы добавляешь в созданный Массив

Ты скажи, что за процедуры ЗаполнениеОбъекта и ОткрытьЗначение.

И для чего собственно тебе Массив?
Ты ведь просто открываешь документы.
Может ты в Массиве организации хранить собрался?

(11) ЗаполнениеОбъекта - я тут заполняю документ через запрос
ОткрытьЗначение - на сервере я записываю документ, и потом открываю его на клиенте
(12)  чтобы выводить несколько документов, для каждой организации отдельный документ

(6) а что там читать?
на сервере заполняешь и возвращаешь массив документов, потом перебираешь массив и их открываешь...
Только смотри, не открывай слишком много доков (поставь какое-нибудь ограничение) и не делай как в (3) написано (зачем нам много раз ходить на сервер, если можно сходить всего один раз)

ну блин, видимо (3) слишком толсто, работать не будет, как минимум надо пробегаться по циклу организаций, если нормально ответить, то так:
(0) Функция ЗаполнениеОбъекта() должна возвращать список ссылок а код выглядеть типа

СписокСсылок=ЗаполнениеОбъекта();
для каждого СсылкаДок из СписокСсылок цикл
ПоказатьЗначение(,СсылкаНаДокумент);
конеццикла;

Но по-моему лучше не открыть несколько документов, а заполнить ими какую-нибудь таблицу - удобнее ориентироваться