Поиск в справочнике по коду в программном коде  - есть не хорошо. А значит, надо каким-то образом хранить ссылки на нужные элементы, которых может быть много и при том, что добавляются новые. Хочу спросить, кто и как это делает?

у нас справочник с произвольным типом значения и кучей предопределенных элементов для программного обращения

Предопределенные, благо в 8.3 можно любой "обычный" элемент превратить в предопределенный (есть обработка).
Если же это типовая конфигурация на поддержке, то можно и как в (1).

Можно искать не по коду, а по УИД.

У нас общий модуль, где в определенной функции прописывается поиск определенного элемента.

Через ХранилищеНастроек, запихиваю при логине в параметры сеанса. Минимум переделок.

(3) Это вообще мрак. Код может стать непереносимым.
В некоторых конфигурациях (у РАРУСА, например), для каждого элемента справочника генерится доп. УиД и помещается в реквизит.

(6) А ТС нужна "переносимость"? Вообще вариантов много и нужно более детальное описание задачи. Так-то и по коду иной раз искать не плохо, если знаем, что никто перенумеровывать элементы не будет.

(0) а чем механизм по типу настроек пользователя не подходит?

1) ПВХ с названиями и типами элементов, названия пишутся по одному образцу, изменениям не подлежат - "ОсновнойСклад", "ОсновнаяКасса" и т.д.
2) Периодический РС содержащий значения элементов: период, название элемента, значение элемента
3) функция ПолучитьЗначение(Название, Дата)

Всё. В дальнейшем, добавление новых элементов или изменение значений старых никаких доработок не требует.

(8) А зачем его переписывать? Он как-бы давно не на РС уже, периодичность в данном случае ну точно не нужна.

"Поиск в справочнике по коду в программном коде  - есть не хорошо" - кто сказал?
Есть куча областей где это наоборот единственное правильное решение.
1С постоянно пользуется поиском по коду везде где только можно.

(10) Поиск с RLS без привилегированного режима падает с ошибкой. Больше проблем особых не вижу.

(0) в периодическом регистре сведений, но и поиском не брезгуем ради скорости написания кода

Вопрос где хранить, встает, если у тебя внешняя обработка.