////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    СотрудникиОрганизаций.Физлицо,
    СотрудникиОрганизаций.Ссылка КАК Сотрудник
ПОМЕСТИТЬ ВТ_Сотрудники
ИЗ
    Справочник.СотрудникиОрганизаций КАК СотрудникиОрганизаций
;

Он выдает по 2 строчки на одно физ. лицо, там, где несколько сотрудников.
А мне нужно только одно!

(1) "А мне нужно только одно!" - какие критерии правильности?

ВЫБРАТЬ
    СотрудникиОрганизаций.Физлицо,
    МАКСИМУМ(СотрудникиОрганизаций.Ссылка) КАК Сотрудник
ПОМЕСТИТЬ ВТ_Сотрудники
ИЗ
    Справочник.СотрудникиОрганизаций КАК СотрудникиОрганизаций

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    СотрудникиОрганизаций.Физлицо

Вот так сработало. Нормально же?
Есть графа для "сотрудник", по сути она совпадает с физ. лицом.

(1) понимает разницу между физиком и сортрудником ?

(4) один физик работает в 3х организациях, причём в одной занимает 2 должности, одну из которых по совместительству

Таким образом физиков будет 1, а сотров 4

Ты зачем до сих пор мучаешь эту 1с?

(0)
Тебе дальше в ВТ вообще зачем сотрудник?
Который СотрудникиОрганизаций.Ссылка.
Либо он не нужен, либо ты должна понимать что такое МАКСИМУМ и быть готовой к тому, что пакет запросов дальше может работать некорректно.

Довольно удачно в итоге получается.
Нашла, мне нужен сотрудник не в архиве.
Почему некорректно? Даст одного сотрудника и всё!

(9) Но на самом деле сотрудников для этого физика несколько.
Дальше запрос будет верные результаты выдавать, ты точно в этом уверена?

Ну, я уже поняла, мне нужен тот, который не в архиве. У них нет совместительства.

(11) так может максимальный как раз в архиве

Я написала уже не максимальный, а не в архиве. Мне нужно было формальное решение.

(13) физик в 2х организациях

(13) Так зачем Вам и ФизЛицо и Сорудник?