Уважаемые эксперты! Прошу вашей подсказки:

Можно ли делать переход с ЗУП 2.5 на 3.1 не в начале года?

(0) Можно

+1 но не нужно...

а последствия или причины? мне вот посоветовали сторонние программисты так не делать... Я сделал переход, всё перенеслось, а вот мне сказали что лучше делать в начале года...

Лучше в начале года это не означает что не в начале нельзя. В чем вопрос то?

(3) Советы от лучших собаководов: делайте перенос в конце года, пару месяцев ведите учет в двух конфах. Когда убедитесь что все виды расчетов отрабатывают одинаково - сдаете старую конфу в архив.

Оно может и ничего, но смысл в том, что Вы переходите в середине квартала. Возможна дополнительная морока.

у нас был не в начале

(2) +1. Лучше сделать переход началом года и добить двойным вводом истекшие месяцы.

(3) Перенос сделал каким способом? Полный, или частичный?

переход делать можно.
А с какой даты?
Данные за год весело собирать будете:) для всяких отчетов и справок.

Полный переход

(11) Ну тогда отчёты в 2.5 и в 3 за один и тот же период могут серьезно разойтись, если сверять будут. Особливо касаемо НДФЛ.