"ВЫБРАТЬ
    |    ТаблицаОстатков.Субконто1,
    |    ТаблицаОстатков.Субконто2,
    |    ТаблицаОстатков.Субконто3,
    |    ТаблицаОстатков.Субконто4,
    |    ТаблицаОстатков.Субконто5
    |ПОМЕСТИТЬ ВтТаблицаОстатков
    |ИЗ
    |    &ТаблицаОстатков КАК ТаблицаОстатков
    |;
    |
    |////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    |ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
    |    ВЫБОР
    |        КОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто1 ССЫЛКА Справочник.Инструменты
    |            ТОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто1
    |        КОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто2 ССЫЛКА Справочник.Инструменты
    |            ТОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто2
    |        КОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто3 ССЫЛКА Справочник.Инструменты
    |            ТОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто3
    |        КОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто4 ССЫЛКА Справочник.Инструменты
    |            ТОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто4
    |        КОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто5 ССЫЛКА Справочник.Инструменты
    |            ТОГДА ВтТаблицаОстатков.Субконто5
    |        ИНАЧЕ ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Инструменты.ПустаяСсылка)
    |    КОНЕЦ КАК Инструмент
    |ИЗ
    |    ВтТаблицаОстатков КАК ВтТаблицаОстатков";

Какая интересная у вас, оказывается, структура и методика учёта однако! :-/

У тебя если Справочник.Инструменты, то отработает только ВтТаблицаОстатков.Субконто1
В остальные условия не зайдет

(2) чо?

Выполни для прикола в консоли
ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
    Выбор Когда Истина Тогда 1
          Когда Истина Тогда 2
          Когда Истина Тогда 3
    Конец Оно

(4)->(3)

(4) и чо?

ВтТаблицаОстатков.Субконто1 не обязательно инструменты

Архитектор 1с 80+ LVL )))

(6)Если не инструменты, то оно уйдет в Иначе. А остальные условия тут тогда ни к чему, в них никогда не попадет

(8) почему?
Если Субконто1 не Инструменты, а Субконто2 Инструменты, то вернёт Субконто2

(9)А.. вообще то точно:-) ..Мне померещилось, что там везде Субконто1 :-)
Тогда реплика (2) снимается

(9) а если они все инструменты )))

(11) Ну, не буду я Вас логике учить, ладно? :)

(12)Да, я тоже думаю, что  обойдемся:-)

Не, ну если ожидается именно то, что запрос делает, то норм, мне кажется.

вернемся к баранам

куда тут упрощять (улучшать)?

(15) Если нужны все ссылки на Справочник.Инструменты, то запрос потенциально даже будет некорректным...

(0) Оптимизировать надо раньше. Ещё при получении таблицы остатков регистра бухгалтерии можно указать параметр "Субконто" и сразу получить остатки только по субконто нужного типа. И только если вид этого субконто предусматривает составной тип, то заморачиваться с операторами ВЫБОР и ССЫЛКА.

А в приведенном запросе особо ничего не оптимизируешь. Ибо исходные данные в &ТаблицаОстатков не оптимизированы.

(0)
Есть код, как таблица остатков получается? Тимур спрашивает.