Можно ли (и как) сделать проверку на пустые значения строк в таблице, с последующим выводом номеров этих пустых строк в сообщении посредством запроса?

Будем предельно точны - нельзя. Запрос он ничего не выводит. Но если вы нашли место где он выводит, и у таблицы есть номера строк, то может, что то и получится.

Например, Значение(Справочник.ТвойСправочник.ПустаяСсылка)

Что значит "пустые значения строк в таблице"?
В таблице БД?
Или просто в записи БД есть какое-то поле строкового типа и в нем пустая строка?

у меня документ, в котором есть таблица с параметром выбором значений. И если там ничего не выбрано, то при закрытии документа необходимо вывести сообщение типа: в строк(е\ах) N не установлен выбор.

Пустых значений есть несколько видов:
Пустая строка
неопределено
Null
Пустое значение типа (Справочник.Номенклатура.ПустаяСсылка()) например
По хорошему надо понимать в каких случаях что возникает и делать соответствующие проверки

(4) Очень просто
для кажого строка из ТЧ цикла
   Если не ЗначениеЗаполнено(Строка.ИмяПоля) Тогда
       сообщить("заполни, дурень");
   КонецЕсли;
КонецЦикла;
Запрос не нужен

А можно еще проще - проверка заполнения - выдавать ошибку, совсем без кода

(4) Это тот случай, когда запросом можно себя по лбу ударить и проще сделать кодом

(7) согласна) но в тз дали чтоб так было

(6) сейчас попробую, спасибо)

(9) ТЗ - это не повод решать задачу в лоб, ИМХО разраб видя, что задачу можно решить проще и лучше должен обсудить это с постановщиком.
Как правило это принимается во внимание и дается добро.