Делал внешний отчет. С помощью СКД. Запрос выглядит так:

ВЫБРАТЬ
    ЗаказыКлиентов.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстатки.ВНаличииОстаток КАК ВНаличииОстаток,
    ЗаказыКлиентов.Период КАК ДатаЗаказа,
    ЗаказыКлиентов.Заказано КАК Заказано,
    НоменклатураСправочник.Артикул КАК Артикул,
    НоменклатураСправочник.Model КАК Model,
    НоменклатураСправочник.SL КАК SL,
    НоменклатураСправочник.InB2XSystemSince КАК InB2XSystemSince,
    НоменклатураСправочник.NoLongerAvailable КАК NoLongerAvailable,
    НоменклатураСправочник.Status КАК Status,
    НоменклатураСправочник.Comment КАК Comment,
    НоменклатураСправочник.ShelvesNumber КАК ShelvesNumber,
    НоменклатураСправочник.Group1 КАК Group1,
    НоменклатураСправочник.Category КАК Category,
    НоменклатураСправочник.Описание КАК Описание
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК НоменклатураСправочник
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки КАК ТоварыНаСкладахОстатки
            ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ЗаказыКлиентов КАК ЗаказыКлиентов
            ПО (ЗаказыКлиентов.Номенклатура = ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура)
                И ТоварыНаСкладахОстатки.Характеристика = ЗаказыКлиентов.Характеристика
                И (ЗаказыКлиентов.Период МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон)
        ПО (ТоварыНаСкладахОстатки.Номенклатура = НоменклатураСправочник.Ссылка)

По каким-то наименованям пишет, что остаток равен нулю.
Стандартным отчетом Остатки и доступность смотрю по этому же товару остатки - пишет 62.
Да и общее кол-во наименований отличается ~ на 15тыс. Значит не все подтягивает.
Стандартный отчет так же на СКД. (код могу скинуть)
Я честно не понимаю, почему мой по каким то товарам остатки тянет, по каким то нет.
Сейчас посмотрел. Вообще не правильно тянет никакие остатки. Как будто рандомные числа выдает.

Значит, у тебя заказы не бьются с остатками.
Замени внутреннее на левое и посмотри

(1) просто местами поменять?

ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ЗаказыКлиентов КАК ЗаказыКлиентов
            ПО  
                И ТоварыНаСкладахОстатки.Характеристика = ЗаказыКлиентов.Характеристика
                И (ЗаказыКлиентов.Период МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон)

Как бы, странные условия. Попробуйте убрать заказы из отчета и сравнить сумму.

(3) сейчас попробую

(1) не помогло

(3) тоже без результата

Убери заказы и добавь ещё резервы

(7) мне заказы нельзя убирать. Они мне нужны для колонок кол-во заказов.

(8)Тебе сначала нужно понять, почему на остаток не выходишь.
Ну и все-таки посмотреть, по каким регистрам собирается "стандартный отчет Остатки".

(9) из запроса воообще все заказы убрал - ничего. проблема осталась. перестали только заказы считать само собой

(9) вру, заказы почему то при этом все равно показывает