Есть база прописанная на web сервере, в кластере сервера она прописана на localhost
На сервере 1С не запускается, т.к. нет клиентских лицензий.
С других компьютеров в базу можно зайти через web  клиент.
Вопрос:
1. Каким образом зайти в конфигуратор базы?
2. Если попасть в конфигуратор не с компьютера сервера можно ли будет публиковать базу с такими же настройками?

Конфигуратор в режиме обычного толстого клиента работает по сути, не через веб-сервер.

(1) На компьтере-сервере 1С не запускается ни в каком режиме.
На компьютере где есть клиентская лицензия я прописал базу как "на сервере" IP сервера, Имя Базы. Но возникает ощибка как я понимаю из-за того что в кластере база прописана как localhost, а не ip сервера.

(0) > 1. Каким образом зайти в конфигуратор базы?

C другого компа.

> 2. Если попасть в конфигуратор не с компьютера сервера можно ли будет публиковать базу с такими же настройками?

Вручную.

(2) > в кластере база прописана как localhost.

Вряд ли проблема в этом.
А вообще замените "localhost" на нормальное имя сервера. Писать "localhost" раньше на древних версиях платформы когда-то было необходимо и только в определенных случаях.

(3) С другого компьютера такая ошибка:
"Ошибка при выполнении операции с информационной базой server_addr=tcp://fff:1541 descr=192.168.0.40:1541 Попытка соединения была безуспешной, т.к. от другого компьютера за требуемое время не получен нужный отклик, или было разорвано соединение из-за неверного отклика уже подключенного компьютера line=1056 file=src\DataExchangeTCPClientfmpl.cpp"

при этом что странное адрес сервере 192.168.1.40 а не descr=192.168.0.40

(3) вручную публиковать это как?

(7) Если публикация из конфигуратора недоступна (например, при использовании 64-разрядной ОС Windows), публикацию можно выполнить с помощью утилиты командной строки webinst, которая доступна в ОС Windows и Linux в обеих разрядностях.
Для 1С 8.3.12 https://its.1c.ru/db/v8312doc#bookmark:adm:TI000000196

(8) Предположим я внесу какие либо изменения в конфигурацию, требуется ли после этого перезапускать Web Сервер или заново опубликовывать базу?
Если изменить имя сервера 1С в кластере, достаточно ли внести изменения в файл vrd чтобы база осталась работоспособной?

Еще думаю над таким вариантом: сделать временно еще одну регистрацию не под именем localhost, затем внести изменения в конфигуратор (если получится зайти) и удалить регистрацию