Подскажите момент, есть число 999 (3 символа), прибавляю к нему +1 и получаю 1 000 (5 символов), как бороться?

Если Не ПустаяСтрока(Префикс) Тогда            
    НОмерДок = Префикс + ПолучитьНули(Объект.КолСим, Строка(НачНОмер1)) + ОбрезатьПробелы(Строка(НачНОмер1));            
    НачНомер1 = Число(НачНомер1) + 1;
    Стр.НОмерДок = НОмерДок;
Иначе
    ВызватьИсключение "Установите префикс документа !";
КонецЕсли;

Очередная жертва неразрывного пробела? :)

(0) СтрЗаменить(СтрокаСЧислом, Символы.НПП, "") или через Формат()

Попробуй:
Если СтрДлина(Префикс) > 3 Тогда
Префикс = СтрЗаменить(Префикс,"НеразравныйПробел","");
КонецЕсли;

(0) не борись, прими это

(2) спс

впихнул для не читаемости

НОмерДок = Префикс + ПолучитьНули(Объект.КолСим, Строка(СтрЗаменить(НачНомер1, Символы.НПП ,""))) + ОбрезатьПробелы(Строка(НачНОмер1));

Формат

А
Если решили, то я что-то неправильно понял

(0) Открой для себя Формат()

(5)Ага, а потом кто-нибудь переключит разделитель групп в настройках и аля улю, лови гусей.

А не, всё правильно понял
(5) Удали это из конфы, пока никто не увидел

(10) уже все на мисте увидели)

Формат(Число, "ЧГ=") не?

(12) да https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:2514:hdoc

сколько тем таких в инете

Формат(Число1,"ЧГ=0")