В 2019 есть сотрудники с зарплатой меньше МРОТ, некоторые приняты до 2019, некоторые в 2019. Приемы изменять нельзя, поскольку за 3 квартала сдана отчетность, надо им доплатить недоплаченное в декабре 2019. Как это проще сделать, без необходимости пересдачи отчетности за 3 квартала 2019?

Приемы изменять нельзя - неверно. Плановые начисления в приемах никак не влияют на взаиморасчеты.
Сделайте разовое начисление в текущем месяце

Как-то не понял - в чем суть затруднений ?

(2) Посчитать видимо

Если в приеме на работу указана сумма и этот договор уже в прошлом, но его надо изменить, то к этому договору выписывается доп-соглашение, по доп-соглашению создается кадровый перевод. Если нужно формальное обоснование к установке новых значений окладов задним числом, то вписать в приказ слова о перерасчете с даты приема на работу. Вроде и все.

Текущим периодом расчетов вводим Начисление и оно потянет перерасчеты. ЗУП это даже сама предложит, если оклад кадровым перемещением задним числом изменить. Т.е. все предусмотрено.

Понятно, что сами по себе допсоглашения в виде каких-то печатных форм в типовом ЗУП не прописаны.

Сделали кадровый перевод на январь или дату приема, потом документ доначисление на нужную дату. Вроде работает.

(6) А чего до этого не делали,боялись что-ли?

(7) Фазы Луны не было подходящей
:-)

Как им начислить компенсацию за задержку ЗП теперь?

?

Тебя правда в яндексе забанили?
http://yaforyou.ru/?q=зуп%203%20компенсация%20за%20задержку%20зарплаты

(9) https://buhexpert8.ru/1s-zup/vyplata-zarplaty/kompensatsiya-za-zaderzhku-vyplaty-zarplaty/kompensatsiya-za-zaderzhku-vyplaty-zarplaty.html