один из них встречается 500 тыс. раз, а второй немного поменьше.
Только поиск занял часов 10.

Один пометить на удаление, на второй перекинуть все остатки.

(0) Если sql то прямой заменой ссылок в базе можно

(2) предположим,что в регистре сведений в измерениях встречаются оба этих справочника-и что сделает прчмая замена?

потом,в квалификацию на прямую замену создателя вопроса я просто не верю.

да знать бы рецепт! (3) встречается, и в регистрах сведений и везде. Хотя - надо посмотреть, может, и нет.

(3) Надо смотреть понятно дело где ссылки на эти справочники используются.

Могу еще посоветовать один метод, но он пока теоретический.
Есть такая штука погугли "data_dump.zip" если конфа типовая из списка облачных то повезло.

(6)+ По сути это zip архив а внутри все данные в виде xml.
Работать с xml можно на чем угодно и даже вручную Найти/Заменить ))

(6)+ Точнее повезло если сам объем базы не сильно большой и оно в разумные сроки выгружается/загружается в этом формате

Какие знакомые имена Как достать базу из data_dump?

(0) Обработка из ИР, "Поиск и замена ссылок".

(10) я ж говорю, только поиск занял 10 часов, маловероятно, что этот объем обработается.

(9) всё получилось в тот раз!
конфа теперь совсем нетиповая.

(11) Когда найдены все ссылки, можно отбирать по типам объектов. Это если не терпится.

Если нужно во всех документах и справочниках выполнить замену одного элемента справочника на другой, то я применяю следующий способ:
(об этом писали выше)
1. пометить на удаление заменяемый элемент
2. получить все ссылки на удаляемый элемент (код ниже)
3. выполнить условие замены.

На примере с номенклатурой

// получить результат запроса по удаляемому элементу.
ТЗ = РезультатЗапроса.Выгрузить();
                
// Получить всю номенклатуру, помеченную на удаление
МассивСсылок = ТЗ.ВыгрузитьКолонку("Ссылка");

ТабСсылок = НайтиПоСсылкам(МассивСсылок);
ТабСсылок.Сортировать("Ссылка");

СписокНоменклатурыИсключение = Новый Массив;

// Найти движения по документам.
// Если есть движения, то номенклатуру не трогаем.

Для Каждого Стр Из ТабСсылок Цикл
    Если СтрНайти(Стр.Метаданные.ПолноеИмя(), "Документ.") Тогда
        Сообщить(Стр.Ссылка);
        СписокНоменклатурыИсключение.Добавить(Стр.Ссылка);
    КонецЕсли;
КонецЦикла;    //Справочники.Спецификации.НайтиПоКоду("ФР-001589") = Стр.Ссылка

// Удалить номенклатуру из списка, по которой есть движения    
Для Каждого Эл Из СписокНоменклатурыИсключение Цикл
    
    ПараметрыОтбора = Новый Структура;
    ПараметрыОтбора.Вставить("Ссылка", Эл);
    
    МассивСтрок = ТабСсылок.НайтиСтроки(ПараметрыОтбора);
    
    Для Каждого ЭлСтр Из МассивСтрок Цикл
        ТабСсылок.Удалить(ЭлСтр);
    КонецЦикла;
    
КонецЦикла;

// Пометить на удаление все ссылки на номенклатуру
Для Каждого Стр Из ТабСсылок Цикл
    
    // Справочник
    Если СтрНайти(Стр.Метаданные.ПолноеИмя(), "Справочник.") Тогда
        
        ПометитьОбъектНаУдаление(Стр.Данные.Ссылка);
        
    // Регистр    
    ИначеЕсли СтрНайти(Стр.Метаданные.ПолноеИмя(), "РегистрСведений.") Тогда        
            
        УдалитьЗаписьРегистра(Стр.Метаданные.Имя, Стр.Данные);
        ////МенеджерЗаписи=РегистрыСведений[Стр.Метаданные.Имя].СоздатьМенеджерЗаписи();
        ////МенеджерЗаписи.Заполнить(Стр.Данные);
        ////МенеджерЗаписи.Удалить();
        
    КонецЕсли;
    
КонецЦикла;

Коротко: используйте метод НайтиПоСсылкам()

спасибо! Проблема просто в том, что очень большой объем, надо как-то порционно менять!
и потом - движения-то есть! Мне нужно и в движениях заменить.

(16) так движения в регистре отбираются по регистратору и сразу видно,есть там нужный элемент и есть ли там второй.
просто,если элемент встречается в неиндексируемых полях,то для каждого реквизита это полное сканирование таблицы.

(0)Поиск и удаление дублей в современных конфигурациях есть. Долго, но надёжно.