Требуется дать пользователю права на конкретную организацию только в одном документе. Можно ли так сделать?
Т.е. чтобы, например, в документе "Реализация" пользователь видел организацию "Ромашка", а в других документах не видел.

Написать РЛСные правила.
Но это не очень красиво и не очень умно.
Можно рабочее место сделать, в котором ограничить список документов по своим правилам.
Можно послать продажников куда подальше.

(1)
Почему не умно?
Почему ограничения на форме лучше?

Можно пример такого рлсного правила для моего случая? База бух 3.0.

(2) Потому что задолбается их править, когда нужно будет сделать доступ по двум организациям и трем пользователям. На один раз прокатит.
На форме лучше, потому что их можно достаточно легко программно настраивать и менять. РЛСы отлаживать дольше.

"На форме" - это имеется в виду прописать в конфигураторе что-то типа в "при открытии" или тут имеется в виду что-то иное?

(5) Можно и так.
Можно рабочее место.
Можно с палкой стоять и бить его, когда не туда полезет.
Советовать сложно, потому что размеров прихотей менеджеров ты не описал. А только частный случай.
(3) Ну вот, например, http://catalog.mista.ru/1c/articles/191339/

(4)
При необходимости РЛСа он должен сразу писаться исходя из настроек пользователя.
В случае, если один раз возникла задача, при которой в многофирменной базе вдруг у кого-то полного доступа не будет, с вероятностью 99% возникнет задача, где не будет доступа еще у многих людей. По-этому надо напрячься и сразу прописать РЛС ко всем возможным документам. Естественно на отдельной роли.
Ограничения на форме заканчиваются на форме. Если вдруг пользователь получит доступ к отчету, в котором будет возможность перейти по расшифровке на документ - он с радостью этой возможностью воспользуется.
Или из структуры подчиненности. Или непосредственно из другого документа. Заколебетесь возможные дырки отлавливать.

(7) Да я не спорю. В разных случаях можно по-разному делать.
Вопрос в трудозатратах, стоимости и нужности.

, безопасности и т.д.

(8)
Ну да, если это разовая задача внешнему программисту, то заморачиваться никто не будет.