Нужно чтобы в одном из общих модулей при запуске регламентного задания кусок кода не компилировался.
   Там используются переменные модуля приложения.

   Предполагаю, что это можно сделать так:
   #Если Сервер Тогда
     Кусок плохого кода
  #КонецЕсли

  Будет ли это работать ?
  На тестовой базе регламентные задания отключены.

"при запуске регламентного задания кусок кода не компилировался."

Это невозможно.

(1) Ну почему - обрамить инструкциями и для контекста РЗ кусок модуля не будет виден

(2) Как например ?
    

   Вообще я уже решил эту функцию закомментарить. Благо ссылок в конфигурации на нее нету.
   Но все же интересно в теории вопроса.

У тебя РЗ на сервере работает.
А теперь представь, что клиент уйдёт на сервер и позовёт эту функцию. Что будет?

(4) Смысл высказывания от меня ускользает. (:

(3) #Если НЕ Сервер Тогда

У общего модуля какие галки стоят?
Просто,если не компиллировался то и не исполнялся,тогда комментарий вам в помощь.
но,отличить один из серверных вызовов от другого нельзя,поэтоу нельзя что-то не компиллять,если это регламентное задание,а для простого серверного вызова компиллять.

однако,если сделать несколько общих модулей-один для регламентного,а другой для сервера,и менять по условию имя модуля,то все получится.

вычислить

ОФ что-ли?

(0) что именно хочешь скрыть так?

(6) +1
(0) Наоборот. Как раз на сервере эти участки кода компилироваться не должны.