В чем может быть причина? Не пойму.

    тз=СоздатьОбъект("ТаблицаЗначений");
    ТаблицаЗамен.Выгрузить(тз,,,"СтароеЗначение");
    тз.НоваяКолонка("ИИН","Строка",12);
    тз.ВыбратьСтроки();
    Пока тз.ПолучитьСтроку()=1 Цикл
        _Элемент=тз.СтароеЗначение;
        тз.ИИН=_Элемент.ИИН;
    КонецЦикла;
    глБД_SQLite.УложитьТЗ(тз,"тзЗамены");
    ТекстЗапроса = "
        |SELECT
        |    Substr(тзЗамены.СтароеЗначение,7,9) as [СтарыйЭлемент :Справочник.Клиенты],
        |    СпрК.ID as [НовыйЭлемент  :Справочник.Клиенты]
        |FROM
        |    тзЗамены
        |    INNER JOIN [Справочник.Клиенты] as СпрК
        |                ON     (тзЗамены.ИИН = СпрК.ИИН) AND
        |                    (Trim(СпрК.ИИН)<>'')
        |
        |";
        
    ТекстЗапроса = "
        |SELECT
        |    Substr(тзЗамены.СтароеЗначение,7,9) as [СтарыйЭлемент :Справочник.Клиенты],
        |    СпрК.ID as [НовыйЭлемент  :Справочник.Клиенты]
        |FROM
        |    [Справочник.Клиенты] as СпрК
        |    INNER JOIN     тзЗамены
        |                ON     (тзЗамены.ИИН = СпрК.ИИН) AND
        |                    (Trim(СпрК.ИИН)<>'') AND
        |                    (СпрК.ismark <> '*')
        |
        |";


В справочнике около 100 000 записей
в тз около 200-300

Отладочная информация

Подбор индекса для таблицы SC14 :
    Ограничения: ISMARK ne; SP968[ИИН]=;
    Выбран индекс VI968: UPPER(SP968)
    Стоимость: 16
Подбор индекса для таблицы SC14 :
    Ограничения: ISMARK ne;
    Индекс не выбран.
    Стоимость: 74318

AND Trim(СпрК.ИИН)<>'')

Забудь про индексы, скажи "превед" перебору таблицы

<> - Не использовать?

(2) Для начала Trim() )))
Это же функция, чтобы её посчитать - нужно получить каждую строку таблицы...

Как тут тогда отсечь пустые?

а в склайте разве '' <> ' '?
или у тебя там не только пробелы могут быть ?

(5) этим я игнорирую пустые ИИН

ИИН это 12-значная строка из цифр

(3) Без Trim() также долго:
(СпрК.ИИН<>'            ') AND

Индекс по ИИН есть

А зачем тебе вообще это условие,
у тебя же  INNER JOIN  тзЗамены.ИИН = СпрК.ИИН
т.е. ты можешь сначала  в ТЗ отобрать элементы без пустого ИНН?

(10) Могу, конечно. Но почему это так долго работает?

(11) скан всей таблички жешь

Сделал по совету (10). Отобрал предварительно все непустые ИИН.Заработало как надо.Быстро.
Получается сканирование таблицы сильно зависит от размера строки?

Это условие ведь осталось. хотя индекса нет
СпрК.ismark <> '*'
А в этом
(СпрК.ИИН<>'            ')
ИИН = 12 символов и тормозит уже жутко

(11) На сколько помню Djelf писал что SQLite вообще ничего не знает об индексах 1С. То что в отладке говорится "подобрн" это уже вроде как сам движок 1С сообщает. А SQLite без информации об индексах план придумывает "от балды", в частности у тебя вот решил сначала выбрать все не помеченные на удаление а потом уже связать по ИНН.
Помнится в таких случаях частенько приходилось разбивать на подзапросы, чтобы нужный индекс задействовать. Что-то типа такого:

    ТекстЗапроса = "
        |SELECT [СтарыйЭлемент :Справочник.Клиенты], [НовыйЭлемент  :Справочник.Клиенты]
        |FROM (
        |SELECT
        |    Substr(тзЗамены.СтароеЗначение,7,9) as [СтарыйЭлемент :Справочник.Клиенты],
        |    СпрК.ID as [НовыйЭлемент  :Справочник.Клиенты],
        |    Trim(СпрК.ismark) as [ПометкаУдаления]
        |FROM
        |    [Справочник.Клиенты] as СпрК
        |    INNER JOIN     тзЗамены
        |                ON     (тзЗамены.ИИН = СпрК.ИИН) AND
        |                    (Trim(СпрК.ИИН)<>'')
        |) as T
        |WHERE NOT T.ПометкаУдаления = '*'
        |
        |";

Ок.Спасибо всем. Буду теперь аккуратнее со строками.

(14) Не совсем так. Про индексы движок то знает, но статистики индексов нет, и в случае с INNER JOIN может ошибиться в плане запроса и поменять выборку из таблиц местами.
С LEFT JOIN такой проблемы нет, выборка из таблиц местами не меняется. Все становится более предсказуемо.
Нужно смотреть план запроса через "explain QUERY PLAN "+ТекстЗапроса  и более детально через "explain QUERY PLAN "+ТекстЗапроса.

В данном запросе "ON (тзЗамены.ИИН = СпрК.ИИН) AND (Trim(СпрК.ИИН)<>'')" видимо должно быть 2 сканирования таблицы СпрК.
Первое по индексу, второе - сырым чтением, потому что Trim(СпрК.ИИН) заблокирует выборку по индексу, потому что идет вычисление перед сравнением!

А "сырое" чтение иногда оказывается быстрее, например:

SELECT count(*) FROM Справочник_Контрагенты WHERE РольПокупатель=1 // по индексу будет на 10% медленнее
SELECT count(*) FROM Справочник_Контрагенты WHERE +РольПокупатель=1 // а вот тут РольПокупатель модифицируется и индекс идет в ближайший лес...