Что имеем. Очень хороший сервер, ресурсов по железу с запасом по всем параметрам. Сложные операции по закрытию перидов и групповым перепроведениям отрабатывают достаточно быстро, с этим проблем нет. Пользователи подключаются на сервер терминалов по RDP, операционка Windows Server 2016, работают с базами БП3 и УТ11. База на MS SQL. При работе пользователей у всех одновременно начинаются подвисания (крутится колесо курсора), хотя в этот момент пользователь, банально, в форме открытого документа заполняет колонку "количество факт" в документе "Пересчет товаров". То есть нагрузки на сервер в этот момент никакой. Такое подвисание может продолжаться секунд 30. при попытке переключения, допустим из Ут11 в БП3, зависшее окно УТ11 не дает открыться на передний план окну БП3. Вариант работы без подключения RDP, напрямую по тонкому клиенту никаких положительных результатов не дал. Подскажите с чем могут быть связанны данные подвисания пользовательских подключений?

Берешь в руки конфигуратор, запускаешь в отладке клиент с замером производительности (желательно перед зависанием) и смотришь выполнение каких функций заняло большее время.

(1) может он у тебя пытается к какому нибудь сервису подключиться, а сервак его не пускает, а 1ска ждет таймаут, или пытается к драйверу какого нибудь оборудования подрубиться и тоже ждет ответ от него и т.д. причин может быть множество. Так же можно технологический журнал  настроить и почитать.

В новых конфах есть обработки ожидания,которые периодически запускаются и ходят на сервер.
В частности,обработка блокировки пользователей.
Хотя,если подписание не даёт свернуться окну,то это не серверный вызов,ну или у вас просто тормозят обе базы сразу(это рекомендуется проверить).
Опять же,посмотрел бы,что происходит с сервером в данный момент,как там загрузка и особенно сеть.
Если с сервера соединения не разрешены,то при попытке соединения может ждать таймаута.

Если на сервере включена отладка,то можно попробовать попасть в серверную часть сеансов,просто подключив один из них и дав команду остановки.
Если серверные вызовы не активны,то я бы смотрел в сторону сети.
Не забываем,что сейчас применяется кеширование форм и они с сервера подтягиваются по мере возможности,если этот процесс не удается,то всё висит.

(3) "я бы смотрел в сторону сети."
А я бы смотрел в исходное сообщение и увидел там RDP ))

(4) экран обновляется по сети... если к примеру у ни пинг регулярно падает то о чём речь!

(0) причин возможных просто вагон.

(0) т.е. крутится виндовый курсор, не одинесный?

(0) позовите специалиста

Была похожая ситуация: внезапно появившиеся периодические зависания (больше 60сек.) при интерактивной работе (в основном попадали на открытия форм и запись) на базе с отключенными регламетными заданиями и абсолютно без нагрузки (в новый год).
Оказалось, что в кластере было подключено два рабочих сервера с программными лицензиями, а проблема ушла, когда отключили (через требование назначение функциональности) один из них.

(9) с УО=1 и так себе сеткой между ними?