Есть запрос:

ВЫБРАТЬ
    ОстаткиТоваровОстатки.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ОстаткиТоваровОстатки.КоличествоОстаток КАК КоличествоОстаток
ИЗ
    Документ.РеализацияТоваров.Товары КАК РеализацияТоваровТовары
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ОстаткиТоваров.Остатки КАК ОстаткиТоваровОстатки
        ПО (ОстаткиТоваровОстатки.Номенклатура = РеализацияТоваровТовары.Номенклатура)
ГДЕ
    РеализацияТоваровТовары.Ссылка = &Ссылка

Который выводит пустые строки. Как я понял, он берет номенклатуру из документа, например 2 штуки, смотрит, есть ли остатки по этой номенклатуре, если нет - выводит две пустые строки. Как это решить?

(0) Тебе это ни о чем не говорит?
ВЫБРАТЬ
    ОстаткиТоваровОстатки.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ОстаткиТоваровОстатки.КоличествоОстаток КАК КоличествоОстаток

(1) может все таки возьмешь данные из левой таблицы?

(1) Вы гений.

(1) ни о чем(. Мне нужно получить текущие остатки тех товаров, которые указаны в документе

(5) ты их и получаешь, ровно так как и запрашиваешь

(5) А если остатков нет, что выйдет?

(5) очень плохо, что "ни о чем(". Посмотри еще внимательнее из какой таблицы ты номенклатуру берешь...

(8) потом внимательно подумай и реши из какой таблицы какие данные нужно выводить в запросе

ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
    РеализацияТоваровТовары.Номенклатура КАК Номенклатура,
    Естьnull(ОстаткиТоваровОстатки.КоличествоОстаток,0) КАК КоличествоОстаток

(10) ну зачем так скоро(

(10) хотя бы пол часика дали подумать ТС, возможно бы и сам додумался, после наводящих коментов

(10) Это не помогло - так у меня выводятся строки с заполненной номенклатурой и пустыми остатками, решил условием остатки>0

вирт. таблица РегистрНакопления.ОстаткиТоваров.Остатки будет выдавать остатки по всей номенклатуре, надо сделать отбор по номенклатуре в параметрах виртуальной таблицы

(13) Зачем тогда ЛЕВОЕ соединение?

(14) Спасибо

Очередной индивидум, который не понимает что хочет и что делает

(14) Не верно, нулевые остатки не даст...

Вот так надо:

ВЫБРАТЬ
    РеализацияТоваровТовары.Номенклатура КАК Номенклатура,
    ЕСТЬNULL(ОстаткиТоваровОстатки.КоличествоОстаток, 0) КАК КоличествоОстаток
ИЗ
    Документ.РеализацияТоваров.Товары КАК РеализацияТоваровТовары
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ОстаткиТоваров.Остатки КАК ОстаткиТоваровОстатки
        ПО (ОстаткиТоваровОстатки.Номенклатура = РеализацияТоваровТовары.Номенклатура)
ГДЕ
    РеализацияТоваровТовары.Ссылка = &Ссылка

ну можно еще ограничить параметрами виртуальной таблицы...