Как вариант повторная выгрузка через конфигуратор могла пройти на порядок быстрее из-за того что доступ к файлу базы данных к этому моменту был оптимизирован ОС. При нормальной работе скорость пакетной и ручной выгрузки (через конфигуратор) сопоставимы. Если же ситуация в обновляторе повторяется при многократной выгрузке одной и той же базы - отпишитесь мне на почту
[email protected], я дам более детальные инструкции и попробуем разобраться.