Собственно, сабж.
Если документ делается или потом правится вручную- запретить проводить.
Если из обработки- проводить.

При записи из обработки можно в ДополнительныеСвойства записать признак

на форме убрать кнопку проведения...?
ну и как это - запись исправлений разрешается а проведение - которое поменяет результат согласно изменения - запрещено..?
т.е. в документе сумма = 1млн, а в регистрах - 500 руб?

ДополнительныеСвойства обычно для такого используют

Для начала определиться что означает "вручную", а что означает "из обработки".
Из какой обработки? Если пользователь в списке выделил десять документов и в контекстном меню нажал "Провести" или "Изменить выделенные", это будет считаться "вручную" или "из обработки"?
Или речь идёт о какой-то конкретной обработке? Если о конкретной, то в этой обработке добавляйте какое-нибудь допсвойство, а в обработке проведения (в подписке, например) проверяйте наличие и значение этого допсвойства.

почитайте комментарий к документу, там написано, из какой обработки он создан

(0) Права или Загрузка=Истина

(6) Загрузка=Истина  при проведении документа ?

(7) чото ржу, два апача, фигли

(6) "...ОбменДанными.Загрузка = Истина" - это вредный совет. Тут он совсем не к месту.

(9) речь про устанавливать некий признак при загрузке обработкой
и в модуле проведения этот признак отлавливать

Имхо, в (4) указан верный алгоритм - подписка на проведение с проверкой значения в ДополнительныеСвойства

забрать у всех права на проведение.
обработку запускать в привилегированном режиме

(0) В такой постановке вопроса - достаточно забрать интерактивные права на документ.