Почему в запросе
    "//{{ЗАПРОС(Сформировать2)
    |Док = Документ.ВыпускГотовойПрод.ТекущийДокумент;
    |ДатаДок = Документ.ВыпускГотовойПрод.ДатаДок;
    |Группировка Док;
    |Группировка ДатаДок;
    |Условие (ДатаДок > '31.08.2021');
    |"//}}ЗАПРОС

выбирает данные только за '01.09.2021', а за следующие дни не попадает?

А если группировки убрать?

И да, порядок
    |Группировка Док;
    |Группировка ДатаДок;

Выглядит кодом пациента известной больницы в Питере, на Пряжке...

А если убрать условие и прописать
    | Период с '31.08.2021';
Дает за '31.08.2021' и '01.09.2021'

"//{{ЗАПРОС(Сформировать2)
    | Период с '31.08.2021';
    |Док = Документ.ВыпускГотовойПрод.ТекущийДокумент;
    |ДатаДок = Документ.ВыпускГотовойПрод.ДатаДок;
    |Группировка Док;
Так тоже за два дня дает только

(4) так может быть и нет документов более поздних чем 01.09.2021  ?

Есть они, много

Если ставлю     | Период с '05.09.2021';
пишет неверный диапазон дат.

Может тогда после запроса у вас еще какой-то фильтр стоит ?

| Период с '05.09.2021' по '30.09.2021';
Во, видимо с точкой актуальности беда

Период с '05.09.2021' по '30.09.2021'

Так заработало

Точка на какое выставлена?

Хотя здесь в запросе точка не причем. Не регистры же выбираешь.