У реализации есть реквизит сделка, который отмечен как реквизит основания. В некоторых случаях сделка не заполнена, а структура подчиненности документ показывает. Как так и где искать в данных этот документ основание?

критерий отбора посмотри, кажется СвязанныеДокументы

В 10.3 структура подчиненности через одноименный критерий отбора сделан. Вот в нём и смотри

(1)
там указан реквизит "сделка"

(3) и только?

(4)
в шапке да, еще в тч есть, но по идее из шапки соответствие берется

(0) а как быть если у вас несколько заказов и по ним одна реализация? Нет сейчас под рукой 10ки, может там в ТЧ  реализации есть связь с заказом.

(5) нет никаких "по идее", все перечисленные в КО реквизиты участвуют

(5) вроде наоборот, из ТЧ берентся, а шапка так, от нечего делать впихнули.

кстати в 11 торговле так же есть реквизит Заказ клиента в ТЧ реализации. Как раз для случаев связи нескольких заказов к одной реализации.

а вообще все легко и просто смотрится в критериях отбора, как писали выше. Скорее всего в УТ10, что-то на подобие этого:
https://disk.yandex.ru/i/buwgeUaOpkqxPg