Регламентное задание отрабатывать по документам должно раз, проставляя флаг булево в строки документа, что свидетельствует об исключении повторной рассылки, зацикливания.
Но почему то зацикливается. Я на простейшем тестовом примере проверил, и оставил, в работу. Я занимаюсь этим вопросом, зависло на переименовании синонима, решил спросить.
А так я сам занимаюсь. Спрашиваю, для получения полезных советов, рекомендаций.


//
&НаСервере
Процедура Отправить()
    УстановитьПРивилегированныйРежим(Истина);
    МассивКому     = Новый Массив;
    МассивВложений = Новый Массив;
    ТекстПисьма    = "";
    ТемаПисьма        = "";
    //
    Запрос         = Новый Запрос;
    Запрос.Текст   = "
        |ВЫБРАТЬ
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка КАК Ссылка,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Номер КАК Номер,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Дата КАК Дата,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Менеджер КАК Менеджер,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.НомерСтроки КАК НомерСтроки,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления КАК ДатаПоступления,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Сертификат КАК Сертификат,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ПаспортИзделия КАК ПаспортИзделия,
        |    РАЗНОСТЬДАТ(ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления, &ТекДата, ДЕНЬ) КАК РазностьДат
        |ИЗ
        |    Документ.ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщику.ОтметкиСклада КАК ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада
        |ГДЕ
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Сертификат = ЛОЖЬ
        |    И ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ПаспортИзделия = ЛОЖЬ
        |    И ДОБАВИТЬКДАТЕ(ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления, ДЕНЬ, 2) < &ТекДата
        |    И ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления >= &ДатаНачала
        |    И НЕ ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.УведомлениеОтправлено = ИСТИНА
        |
        |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
        |    РазностьДат";                                                                            
    Запрос.УстановитьПараметр("ТекДата",    ТекущаяДата());
    Запрос.УстановитьПараметр("ДатаНачала", Дата("20220621"));
    Рез = Запрос.Выполнить();
    //
    НомерПредыдущегоДокумента = Неопределено;
    Если Не Рез.Пустой() Тогда
        Выборка = Рез.Выбрать();
        Пока Выборка.Следующий() Цикл
            //
            Если НомерПредыдущегоДокумента = Неопределено ИЛИ Не Выборка.Номер = НомерПредыдущегоДокумента Тогда
                Сообщить("Отправляется " + Выборка.Номер);
                //
                ТемаПисьма  = "О предоставлении сертификата";
                ТекстПисьма = "Срочно предоставитьпаспорт изделия № " + Выборка.Номер + " от " + ФОРМАТ(Выборка.Дата, "ДЛФ=DD") + ". " + Символы.ПС;
                //
                // Ответственный менеджер
                ЕАдресМенеджер = ЕАдресПользователя(Выборка.Менеджер);    
                НашПолучатель  = Новый Структура;
                НашПолучатель.Вставить("Адрес",         ЕАдресМенеджер);                                            
                НашПолучатель.Вставить("Представление", ЕАдресМенеджер);
                Если ЗначениеЗаполнено(НашПолучатель.Адрес) Тогда
                    МассивКому.Добавить(НашПолучатель);
                КонецЕсли;
                //
                // Контролирующее лицо
                КонтролирующееЛицо  = Справочники.Пользователи.НайтиПоНаименованию("Пользователь 1", 1);
                ЕКонтролирующееЛицо = ЕАдресПользователя(КонтролирующееЛицо);    
                НашПолучатель       = Новый Структура;
                НашПолучатель.Вставить("Адрес",         ЕКонтролирующееЛицо);                                            
                НашПолучатель.Вставить("Представление", ЕКонтролирующееЛицо);
                Если ЗначениеЗаполнено(НашПолучатель.Адрес) Тогда
                    МассивКому.Добавить(НашПолучатель);
                КонецЕсли;
                //
                Если МассивКому.Количество() > 0 Тогда
                    //  отправка писсьма
                    УчетнаяЗаписьПочты = Справочники.УчетныеЗаписиЭлектроннойПочты.СистемнаяУчетнаяЗаписьЭлектроннойПочты;
                    ПараметрыОтправки  = Новый Структура;
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Важность",           ВажностьИнтернетПочтовогоСообщения.Обычная);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Кодировка",          "UTF-8");
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Кому",               МассивКому);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Вложения",           МассивВложений);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("ОбрабатыватьТексты", Ложь);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("УдалитьСоединение",  Истина);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("ПротоколПочты",      "IMAP");
                    ПараметрыОтправки.Вставить("ТипТекста",          Перечисления.ТипыТекстовЭлектронныхПисем.ПростойТекст);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Тема",               ТемаПисьма);
                    ПараметрыОтправки.Вставить("Тело",               ТекстПисьма);
                    РаботаСПочтовымиСообщениями.ОтправитьПочтовоеСообщение(УчетнаяЗаписьПочты, ПараметрыОтправки);
                КонецЕсли;
                //
                НомерПредыдущегоДокумента = Выборка.Номер;
            КонецЕсли;
            //
            ДокПредварительныйЗаказПоставщику       = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
            НайденнаяСтрока                       = ДокПредварительныйЗаказПоставщику.ОтметкиСклада.Найти(Выборка.НомерСтроки, "НомерСтроки");
            НайденнаяСтрока.УведомлениеОтправлено = Истина;            
            ДокПредварительныйЗаказПоставщику.Записать();
        КонецЦикла;        
    КонецЕсли;
    //
КонецПроцедуры    
//

Заремируй эти строки кода и посмотри уйдет ли зацикливание:
ДокПредварительныйЗаказПоставщику       = Выборка.Ссылка.ПолучитьОбъект();
            НайденнаяСтрока                       = ДокПредварительныйЗаказПоставщику.ОтметкиСклада.Найти(Выборка.НомерСтроки, "НомерСтроки");
            НайденнаяСтрока.УведомлениеОтправлено = Истина;            
            ДокПредварительныйЗаказПоставщику.Записать();


Если не получиться тогда в запросе сделай вначале эту строчку и посмотри пройдет ли зацикливание:
|ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1

(1) Вышло так.
Я стал тестировать обработку как внешнюю с формы.
Смотрю, идет список документов. Я у обработки поменял синонимум, но новый номер.
И сейчас ничего не меняя, запускаю, она не выполняется. То есть выполнилось по тому что было, как и предполагалось и все.
Я не понимаю, что это означает (. Мне писали, что приходят какие то дикие рассылки.
Я хотел устранять.
Может что с идентификатором НомерСтроки7 И нужно как то иначе?
Сейчас я не вижу ошибку, и не понимаю что отлаживать.

(1) Если я это закомментирую, это и будет зацикливание же тогда. Благодаря этому должно срабатывать только раз.

(2) "Если я это закомментирую, это и будет зацикливание же тогда."

Сделайте как я сказал и чтобы не было рассылки закомментируйте эту строку:
РаботаСПочтовымиСообщениями.ОтправитьПочтовоеСообщение(УчетнаяЗаписьПочты, ПараметрыОтправки);

(3) Дело в том что пока нет выборки на которой проверять, она куда то делась . И почему то.
Появились галки что вы просили закомментировать в (1) .

(3) Я вчера сделал тестирование, отрабатывает раз и все.
Сейчас выявилось, что, что то циклится. Я стал отлавливать, как ошибка исчезла.

(0)
а) научись обходить результаты запроса по группировкам (внешний цикл по ссылкам, внутренний по тч).
б) зачем писать одному менеджеру 10 писем из одной тч по одной ссылке, если можно написать одно с перечнем нужных документов?

(5) Дело может быть в конфликте блокировок, посмотрите в журнале регистраций, что происходит после запуска обработки

(6) Да согласен, нужно научиться обходить результаты запросов по группировкам.
(6) Так в моем случае, идет обработка по номеру. И так же по одному документу идет одно письмо, а не больше чем одно. Ведь так?

(6) Если не трудно, можете подсказать , как это было бы?
Учитывая что выборка идет по документу.
Я и сам в принципе представляю.
Но что то  у меня с мотивацией (
А так, если вам не трудно бы. я и увидел бы, и применил, и тд.

Считаю что и (0), работает . А то что мне высылали немыслемые примеры, и потом внезапно, сам видел пропала выборка. Я не знаю как объяснить.

(9) у меня голова болит, устал наверное. пойду поем.

Кажется я немного понимаю от чего там ошибки могли быть, я поправил сейчас так.

    //
    Запрос         = Новый Запрос;
    Запрос.Текст   = "
        |ВЫБРАТЬ
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка                                          КАК Ссылка,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Номер                                  КАК Номер,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Дата                                  КАК Дата,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Ссылка.Менеджер                              КАК Менеджер,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.НомерСтроки                                  КАК НомерСтроки,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления                              КАК ДатаПоступления,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Сертификат                                      КАК Сертификат,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ПаспортИзделия                                  КАК ПаспортИзделия,
        |    РАЗНОСТЬДАТ(ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления, &ТекДата, ДЕНЬ) КАК РазностьДат,
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.УведомлениеОтправлено                        КАК УведомлениеОтправлено
        |ИЗ
        |    Документ.ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщику.ОтметкиСклада КАК ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада
        |ГДЕ
        |    ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.Сертификат = ЛОЖЬ
        |    И ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ПаспортИзделия = ЛОЖЬ
        |    И ДОБАВИТЬКДАТЕ(ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления, ДЕНЬ, 2) < &ТекДата
        |    И ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.ДатаПоступления >= &ДатаНачала
        |    И НЕ ХХХ_ПредварительныйЗаказПоставщикуОтметкиСклада.УведомлениеОтправлено = ИСТИНА
        |
        |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
        |    Номер,
        |    РазностьДат";

Если вот этого не сделать, то и алгоритм мой не будет работать.

     |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
        |    Номер,
        |    РазностьДат";



Он же подразумевает идущие по по порядку номера. А если в разброс, как и было.
В рабочей то больше всего. Вот там и начало все летать.

Установил сортировку по номеру.

(13)

И так пойдет.
Потом, внезапно, придет откровение, что номера могут повторяться (например каждый год).
А ссылки нет, но ...

(14) Но а подсказать как правильно не желаете? Так то да в (6), правильно говорят .

(14) Снова что то сильно глючи. Я не пойму уже что, и как отловить. Как там по группировкам будет правильно?
Понимаю, что некоторые вещи мне не очевидны. И я не предвижу ни ошибок, ни возможных подзадач. Просто не знаю о них (((.

Похоже проблема была из за массива  

МассивКому     = Новый Массив;

после этой строки

      Пока Выборка.Следующий() Цикл

сделал МассивКому.Очистить();