В УПП после обновления нарушился порядок хозрасчетного плана счетов.
При попытке сортировки по коду счета идут вразброс.
При сортировке по полю быстрого выбора становится лучше, но не идеально.
В базе перед обновлением было всё хорошо.

Куда копать?

Нашёл: Порядок счета затёрся.

(0) После обновления с каого на какой релиз?

Если учесть, что никогда такого не было и вот опять - то последний релиз :)

(2) со старого на последний

с очень старого

Как восстановить порядок? Через сравнение и объединение не вижу такой возможности.

Сливать со старой базы и в новую программно записывать?

При записи счета порядок восстанавливается автоматом.

Образец правильного написания плана счетов находится в самой конфигурации - погуглите в конфигурации - найдёте первоначальное заполнение. Можно и по другому сделать: выгрузить конфигурацию поставщика и создать новую базу - при первом входе сработает функционал первоначального заполнения.

PS:  однако не нужно забывать также, что практически все записи плана счетов - предопределенные. Это накладывает особые ограничения на работу с записями плана счетов.