Как правильно установить отбор по регистратору в регистре сведений, если регистратор вложен в серию?
НаборЗаписей.Отбор.Серия.Регистратор.Установить(Документ) ,  так пишет что поле объекта серия не найдена

Правильно так:
НаборЗаписей.Отбор.Серия.Установить(Серия)

Какие измерения-то у регистра? И что значит "регистратор вложен в серию"?

(1) мне по серии не нужно, нужно по документу отбор сделать

(0) как это вложен в серию? делайте так:

НаборЗаписей.Отбор.Регистратор.Установить(Документ);

(4) Документ-регистратор, вложен в серию. У регистра одно измерение штрихкоды и 4 ресурса, серия, номенклатура, упаковка, тара.

(5) если смотреть запросом, то увидим что серия раскрывается и у нее есть свои реквизиты.

(6) и что мешает запросом получить регистратор и по нему установить отбор ?

(0) тебе же написали уже - отбор по значениям измерений, во реквизитам измерений отбора нет

(8) и каким образом можно сделать отбор по регистратору?

(9) Отбор набора записей - никак.
Данные записей по тем сериям, в который указан нужный регистратор получить можно. Проще всего запросом.

(9) позвать программиста (настоящего), который расскажет тебе разницу между регистратором и измерением

(10) Сделал так через запрос, но почему то очищает запись в регистре сведений, что не так

    Пока ВыборкаДетальныеЗаписи.Следующий() Цикл
        НаборЗаписей = РегистрыСведений.Штрихкоды.СоздатьНаборЗаписей();
        НаборЗаписей.Отбор.Штрихкод.Установить(ВыборкаДетальныеЗаписи.Штрихкод);
        НаборЗаписей.Прочитать();
        Для Каждого Стр Из НаборЗаписей Цикл
                Стр.Номенклатура = Объект.Номенклатура;
        КонецЦикла;    
        НаборЗаписей.Записать();            
    КонецЦикла;

Все разобрался, запрос исправить нужно было