Хочу новые метаданные перетащить в основную конфу из расширений.

Порядок действий
1. В Основную копирую из расширения справочник (копируется вся стурктура соответсвенно)
2. в расширении в наименование добавляю префикс (Удалить_)

3. Ищу ссылки на объект расширения - и добавляю в них объект основной (составной тип получается)

4. программно обхожу справочник удаляю элемент и в новом создаю элемент через установить ссылку нового по тому же ГУИД (который удалил)

вопрос - в регистрах ссылки поменяются? прокатит такая схема?

проверь на тестовой

думаю, что не поменяется и ты данные потеряешь. Физически в БД поле Ссылка - это два поля:
1. идентификатор типа (длинное целое, никак не связанное с именем объекта метаданных)
2. сам гуид

и вот идентификатор типа после удаления расширения станет указывать в никуда и платформа наверняка начнет чистить данные.

(0) не прокатит

или нормально медленно делай через замену ссылок
или на низком уровне прямыми запросами

я бы наверное скопировал под другими именами, затем обработкой заполнил данными из расширения, затем удалил из расширения и переименовал в конфигурации. Примерно так

Но если на него есть ссылки, то не прокатит

(2) идентификатор типа - его можно заменить средствами БД, но "Ведущее" - при удалении элемента справочника - удаляется и запись регистра

не все так просто оказалось - куча телодвижений

(6) горя хапнешь и весь устанешь, а толку не добьешься.
1. Создай нужные тебе атрибуты/реквизиты/измерения с каким-нить суффиксом или префиксом
2. заполни данные обработкой или скулём в новых реквизитах
3. Выкоси расширение
4. переименуй метаданные из пункта 1

это, хоть и выглядит тоскливо, но задачу решает и на самом деле геморроя меньше, чем вот эти твои трюки

(7) не понял

(7)
т.е. в каждом объекте где задействован переносимый справочник
создать дубль реквизита содержащий оный

не понял что скулем заполнить?

поле "rt" не достаточно заполнить "правильным" значением?

(10) Достаточно. Кстати, слетят настройки СКД и прочее, где были сохранены старые ссылки. Но они при любом варианте слетят.