Здравствуйте! Читаю из файла заказ клиента, в нем коды товаров и ГУИДы серий (и все остальное).
Что лучше: использовать для идентификации товаров и серий запросы к СУБД в цикле чтения файла (итераций вероятно будет немного) или до цикла два БОЛЬШИХ справочника (номенклатура и серии) загрузить из СУБД в ТЗ и в цикле искать номенклатуру и серию в этих ТЗ?

лично я выбрал бы второй вариант. сначала прочитать внешние данные, потом долбиться запросами.
.
большие - это 10-100 миллионов записей?

Если серии идентифицируются по ГУИД, зачем с ними делать что-то лишнее?

"большие - это 10-100 миллионов записей?" - очень примерно могу предположить, то серий в перспективе может быть до 1 млн , товаров тысяч 100.

Писать как самому удобно и понятно, не забивать голову всякой фигней. Не небольших объемах скорее всего по скорости и не отличить. :)
Если конечно это реальная задача под себя, а не тестовое задание или тиражное решение.
ЗЫ:
Но вообще третий вариант. Считать файл в ТЗ, потом запросом сцепить его с СУБД через временную таблицу. :)

"Если серии идентифицируются по ГУИД, зачем с ними делать что-то лишнее?" - что именно "лишнее"? Насколько я понимаю конструкция
Пока ЧтениеJSON.Прочитать() Цикл  
   Если ИмяТекущегоСвойства = "partNumber" Тогда
       л_Серия = Справочники.СерииНоменклатуры.ПолучитьСсылку(Новый УникальныйИдентификатор(ЧтениеJSON.ТекущееЗначение));
   КонецЕсли;
КонецЦикла;
это запрос к СУДБ в цикле?

(4) +1 за третий вариант

(0) Лучше всего файл заказа прочитать в ТЗ
ТЗ разделить на разумные куски (отдельные ТЗ до 1000 строк)
Эти отдельные ТЗ в отдельные фоновые задания

В каждом фоновом
Передавать ТЗ в запрос как параметр, поместить в ВТ
ВТ дозаполнять пакетными запросами ("для идентификации товаров и серий запросы к СУБД")
Учесть чтобы не появилось дублей! Особенность ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ, надо хитрости с группировкой/итогами

"третий вариант" - спасибо за подсказку!

(4) +1 это самый быстродействующий, но самый сложный в безошибочной реализации вариант

(8) Имхо напиши сначала тупой запросы в цикле
Отдай клиенту/заказчику - если не устоит, тогда будешь переписывать
Переписать легче будет у тебя уже есть загрузка и куски кода/запросов

(5) Это не запрос в цикле, оставьте так, это нормально.

(11) а что это?) (не смотрел профайлер, но примерно представляю))

(11) В (5) сильно редкий случай с УИДами
Обычно подбирать приходится по артикулам, кодам и прочим сериям

(11) (13) понял, принял. проверять не буду.(лениво)

Ох уж эти заоптимизаторы. В борьбе с надуманными проблемами с производительностью готовы изговнять весь код и прострелить себе колено