Кредит-нота — довольно спорный инструмент, поскольку он не зафиксирован в российском законодательстве. И налоговики могут интерпретировать эту операцию, как они считают нужным. В принятых юридических терминах такую операцию можно расценивать как «подарок» или «прощение долга». Подарки между юрлицами ограничены суммой 3 000 рублей, так что обычно применяется «прощение долга».

Технически поставщик дает покупателю скидку задним числом. Такая операция описана в ст. 415 ГК РФ: кредитор освобождает заемщика от части его обязанностей и извещает его об этом в уведомлении. При компенсации за брак происходит то же самое. ФНС поддерживает эту позицию и сообщает, что кредит-ноту нужно интерпретировать как прощение долга, а в налоговом учете оформлять как безвозмездную передачу имущества (письмо № 02-3-08/84-Ю216 от 25 июля 2002 года). Минфин уточняет, что стоимость такого безвозмездно переданного имущества не нужно учитывать при расчете налоговой базы (письмо № 03-03-04/1/579 от 12 июля 2006 года).

https://www.b-kontur.ru/enquiry/47165-chto_takoe_kredit_nota