Строка поиска = "Мука"

Если поменять Содержит на Равно тогда находит.
В принципе не важно, но интересно)

%мука%

(2) Не находит

ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 999
    СправочникНоменклатура.Ссылка КАК Значение
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК СправочникНоменклатура

Итоговый запрос посмотри в консоли ИР (или макет компоновки в отладчике или в профайлере скуля сразу).
Если из группы Или условие Содержит вытащить?

(5) даже если оставить одно условие, все равно не находит

Макет "Содержит"
ГДЕ
    СправочникНоменклатура.НаименованиеПолное ПОДОБНО &amp;П СПЕЦСИМВОЛ "/"</query>
    </dataSet>
    <parameterValue>
        <name>П</name>
        <value xsi:type="xs:string">%ПараметрыДанных.СтрокаПоиска%</value>
    </parameterValue>
    <parameterValue>
        <name>СтрокаПоиска</name>
        <value xsi:type="xs:string">мука</value>
    </parameterValue>
    <template>

Макет "Равно"
ГДЕ
    СправочникНоменклатура.НаименованиеПолное = &amp;СтрокаПоиска</query>
    </dataSet>
    <parameterValue>
        <name>СтрокаПоиска</name>
        <value xsi:type="xs:string">мука</value>
    </parameterValue>

ничего не обычного не заметил

База файловая

(0) попробуй СправочникНоменклатура.Наименование или представление

В консоли запросов воспроизводится?
ГДЕ НаименованиеПолное ПОДОБНО "%мука%"

(10) Да, вероятно проблема только с параметром СКД

(11) посмотрел в профайлере, при ПОДОБНО - 1с в скуль отдает имя параметра, а не значение, любопытно.

exec sp_executesql N'SELECT
T1._IDRRef,
T1._Description,
T1._IDRRef,
T1._Description
FROM dbo._Reference47 T1
WHERE (T1._Description LIKE P1 ESCAPE ''/'')',N'P1 nvarchar(4000)',N'%ПараметрыДанных.СтрокаПоиска%'


exec sp_executesql N'SELECT
T1._IDRRef,
T1._Description,
T1._IDRRef,
T1._Description
FROM dbo._Reference47 T1
WHERE (T1._Description = P1)',N'P1 nvarchar(4000)',N'молоко'

(12)Так это ж синтаксис такой - в конце текста запроса видно, что под параметром понимается строка, которая и подставляется.

(13) Первый запрос - ВидСравнения "Содержит" (передается имя параметра, что странно)
второй - Вид сравнения "Равно" (передается значение параметра, что логично)

но, собственно, это уже на этапе компоновки происходит, судя по (7)

(0) Не понятно зачем ты путаешь SQL двумя условиями Равно и Подобно. Оставь только Подобно. Да ещё и связал их через И. Понятно, что будет находить только полное соответствие по первому условию.
  Связь через И на самом деле в твоем условии мешается. По твоему условию значение должно быть И Равно И Подобно. Если оно равно, то само собой подобно, это находит. А вот если оно ПОДОБНО, то оно не обязательно равно и соответственно ничего нет. Свяжи условия через ИЛИ, если уж так хочешь условие Равно, но я бы оставил только Подобно.
И на SQL, как и на 1С ругаться не надо. Всё они делают правильно, только это правильно не совпало с тем, что ты на самом деле имел ввиду.

(12) в 1С накосячили :)