В общем запрос
Нужно к оборотам добавить колонку среза последних на дату оборота:

ВЫБРАТЬ
   ТоварыНаСкладахОбороты.Регистратор,
   ТоварыНаСкладахОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ХарактеристикаНоменклатуры,
   ТоварыНаСкладахОбороты.КоличествоОборот КАК КоличествоОборот,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодДень,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодНеделя,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодДекада,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодМесяц,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодКвартал,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодПолугодие,
   ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодГод,
   Лимиты.Лимит
ИЗ
   РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Обороты(, , Авто, ) КАК ТоварыНаСкладахОбороты
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.Лимиты.СрезПоследних КАК ЛимитыСрезПоследних
       ПО ТоварыНаСкладахОбороты.Номенклатура = ЛимитыСрезПоследних.Номенклатура
           И ТоварыНаСкладахОбороты.ХарактеристикаНоменклатуры = ЛимитыСрезПоследних.ХарактеристикаНоменклатуры
           И ТоварыНаСкладахОбороты.ПериодДень = ЛимитыСрезПоследних.Период

Книга знаний: Срез последних на каждую дату в запросе