Странности такого рода:
1) в первом квартале амортизация ОС отражалась в ПР (что верно, т.к. в статье затрат указано, что она не принимается к НУ). Во втором квартале амортизация начала отражаться в ВР. С чего вдруг ? Непонятно.
2) при формировании затрат во втором квартале, например, по дебету счета 26, сумма отражалась в НУ, что верно. В том же месяце, при закрытии счета 26, формируется проводка на туже сумму, только уже не в НУ, а в ПР. Снова вопрос - почему ?

Конечно, полезу в конфигуратор, но может быть кто-то уже сталкивался с подобными проблема и знает в чем их причина ?

до 25.5 обновится не предлагать?

(1) Ну почему ? Можешь предложить :-)
Поможет ли ?

(2) я бы начал с обновления...

(3) Я прочитал список исправлений с релиза 2.0.22. Исправлена только ошибка в начислении амортизации, да и то если признаются отрицательные ПР в оценке ОС, чего у меня нет.

Ладно, обновлю, пысмарю будут ли ошибки.

Мда... Обновил базу до релиза 2.0.25.
Перепровел амортизацию.
Проводки там где нужно встали в ПР, однако появилась другая проблема :) - часть ОС в налоговом учете отразились сразу в ПР, ВР (с минусом) и НУ, суммы везде одинаковые, а должны были только в НУ. Что за дела ?

Хорошо, что затраты начали тоже списываться по НУ, если возникли в НУ.