суть в следующем, надо отобрать реализации у которых не введена счёт-фактура.

ВЫБРАТЬ
   Реализац.Ссылка
ИЗ
   (ВЫБРАТЬ
       РеализацияТоваровУслуг.Ссылка КАК Ссылка
   ИЗ
       Документ.РеализацияТоваровУслуг КАК РеализацияТоваровУслуг
   ГДЕ
       РеализацияТоваровУслуг.ОтражатьВБухгалтерскомУчете = &ОтражатьВБухгалтерскомУчете
       И РеализацияТоваровУслуг.ОтражатьВНалоговомУчете = &ОтражатьВНалоговомУчете
       И РеализацияТоваровУслуг.Дата МЕЖДУ &ДатаНачала И &ДатаКонца) КАК Реализац
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
           СчетФактураВыданный.Ссылка КАК Ссылка,
           СчетФактураВыданный.ДокументОснование КАК ДокументОснование
       ИЗ
           Документ.СчетФактураВыданный КАК СчетФактураВыданный
       ГДЕ
           СчетФактураВыданный.Дата МЕЖДУ &ДатаСНач И &ДатаСКОн) КАК СчетФакт
       ПО Реализац.Ссылка <> СчетФакт.ДокументОснование

а зачем выборку из выборки делаешь?

ПО Реализац.Ссылка = СчетФакт.ДокументОснование
ГДЕ СчетФакт.ДокументОснование ЕСТЬ NULL

2 спасибо