Что происходит с журналами регистрации в случае перехода на 8.2?
Они теряюся. По умолчанию на 8.1 они находяться по адресу C:\Program Files\1cv81\server\reg_1541.

Их как-то можно подцепить к базам после конвертации на 8.2???

Нет. Только разворачивать архив 8.1 и подсовывать старые логи.