Обмен между РБД организован по плану обмена через FTP ресурс. Очень часто бывают ошибки, что какие-то документы оказываются непроведёнными, или те доки, которые исправляли в филиале, после загрузки обновления исправления теряются, хотя это документы только этого филиала и их никто не трогал в других филиалах (смотрела это по журналу регистрации).

Почему такое может происходить?

Если преходим на обмен через файловый ресурс, то подобных проблем не бывает.

Может хотя бы как-то теоретически можно это объяснить? Или что можно проверить в таких случаях для выяснения причин?

Думаю с файловым вариантом вам просто повезло, что не произошла проблема опять.

Получается, что 1С не может синхронизировать базы распределённые?