После перехода в БП 2.0 документы проводятся и формируют новые движения, однако эти движения иногда отличаются от тех, которые были в 8.1.

Переношу данные за полгода, и в одной из баз этих "иногда" хватит видимо на полгода ручной корректировки проводок, либо разборов из-за чего не зачелся аванс, почему отличается средняя цена и т.д.

Наверно не я первый кто с таким столкнулся. Как решали проблему?

Основное - документы проводятся заново, формируют движения.
Если в 1.6 бух не заморачивался каждый месяц перепроведением всех документов - будут расхождения.

(1) да в этом и проблема, и как быть?

Ручная проводка тебе поможет.

(3) Пытался только январь исправить, очень долго вручную.Может обработки какие есть, которые помогут исправить ситуацию?

(4) не встречал.
Правила подправить, чтобы движения тащились вместе с документами...

(4) Групповое перепроведение документов за 2011 год в 1.6 вам поможет, если конечно не боитесь корректировки в налоговую сдавать. Все косяки из 1.6. И ручные корректировки это не выход. Второй вариант перенести начальные остатки на 30.06.11 и доки за июль...