Есть оператор:
НайтиПоСсылкам

Но он ищет только объекты, по указанной ссылке.
А нужно найти все объекты, в которых присутствуют битые ссылки, типа "Объект не найден 52..."

Можно такое сделать?

Книга знаний: Пустые ссылки

стандартно - а зачем?

если надо избавиться от битых ссылок - ТиИ в помощь.

Нужно из архивной базы находить эти элементы, и проставлять :)

тогда ищи для каждого объекта метаданных.
например запросом можно дернуть все поступления у которых битая номенклатура по условию "где номенклатура.наименование есть null"

(0)на инфостарте куча обработок есть

(0)выполнить ТИИ