Если в сообщении обмена в узел приходит:
- документ и ему ставиться статус "Игнорировать", то будут ли грузиться записи регистров, в которых он регистратор?
- аналогично по элементу справочника по которому в регистре постален основной отбор, грузиться записи будут?

грузиться записи будут если они включены в план обмена. но кто я такой чтобы мне верить? проверь.

(0) Регистр для обмена это такая же сущность как и документ или справочник. Т.е. для обмена он живет своей жизнью и к документу имеет такое же отношение как и справочник к примеру.

(1)(2) А как тогда препятствовать миграции, если  документ на выгрузку отклонили, записи регистров по нему пойти в выгрузку не должны....

в составе регистра должен быть однозначно определен признак, должны записи мигрировать или нет

(4) а при ОтправкеДанныхПодчиненному(Главному) можно же накопить список отклоненных документов,ссылок справочников, затем, когда начнутся выгружаться регистры, фильтровать выгружаемые наборы записей по принадлежности к отклоненному регистратору или к основному отбору?

(5)можно, только это не самый хороший способ

2(5) еще на этапе при записи регистров не регистрировать их измененными для отправки конкретному узлу, если признак отличный от необходимого

(6)когда сверху давят сроками и ограничен ресурсами, о красоте решения думать не приходится, к сожалению :(

Мне на испытательном сроке надо разработать второе УПП по обмену, а круглосуточно пахать не собираюсь :)

на момент выгрузки регистратора может не существовать вовсе.