Или надо второй склад заводить, товары перемещать, склад во всех документах менять...?

Ну т.е. галку-то можно поставить, но пишут, что не рекомендуется, если были документы. А они были, а ордерную схему надо... Где ошибки полезут после включения, например ордерной схемы при отгрузке?

Перепровести документы

(2) Перепроведение заставит склад создать ордера на все прошлые отгрузки... И это все проблемы? :)