В СКД в наборе данных запрос есть временная таблица. При формировании отчета в 1С:Предприятие вылазит ошибка, что временная таблица не найдена, хотя если выполнить через консоль - всё нормально.
В чем может быть причина?

Скорее всего 1С-ка путается в псевдонимами таблиц. С ней такое случается. Переименуй ВТ.

Текст запроса.