На расшареной папке на сервере лежит 1cestart.exe там же  лежат commonbases.v8i   - список баз
1cescmn.cfg - файл со ссылкой на commonbases.v8i.

При запуске с локального компьютера 1cestart.exe из шары  открывается окно с нерадактируемым списком баз из commonbases.v8i

при этом если после этого запустить обычный локальный ярлык ссылающийся на "C:\Program Files\1cv82\common\1cestart.exe"  то открывается список баз среди которых  почему-то присутствуют нередактируемые базы из серверного commonbases.v8i при том что в настройках этого ярлыка нет ссылок на списки с базами.

Откуда они эти базы беруться при локальном варианте запуска?

(0) посмотри, что за базы в локальном v8i.

а файлика 1CESCmn.cfg в C:\Program Files\1cv82\common\ нету?

(2) нету

(1) а нету локального v8i  он один на сервере лежит

%USERPROFILE%\Application Data\1C\1CEStart - там посмотри

(5) точно оно ;-)