Измерением регистра назначен составной тип, например счет и заказ. Пользователь в документе например начал выбирать счета и отказался - соответственно в регистре теперь пустая ссылка на счет и путое значение. Как правильно сделать - присаивать в этом случае Неопределено?

Неопределено в измерении?! Оригинально!

(1)В типовых если составной тип в регистре и не заполнен, то пишется Неопределено.

как-то недоставляюще совсем так делать.

(1) А что тут такого? Если тут и есть ошибка, то только почему позволяется писать в измерение пустое значение.

Хотя это может быть фичей, если измерение не используется при определенных настройках.