Имеется сервер W2003(х64), 5ГБ  оперативки, 4-дисковый массив.
На нем сервер 1с 8.2 (1процесс) и sql 2005,10-15 пользователей. При запуске пустяковых процедур система затыкается надолго. В диспетчере видно, что сервер 1с занимает от 500МБ до 2ГБ, процесс sql - 90МБ, (хотя доступная память еще есть), зато 100% ресурсов процессора. В чем может быть косяк?

антивирь?

(0)[процесс sql - 90МБ]
могли зарезать память в настройках сиквела
обычно он стартует раньше 1С и при загрузке баз занимает всё отведенное пространство

В настройках максимальная память на sql стоит 2ГБ

(3)
снять счетчики:
сиквела и дисковой подсистемы
вкурить

или
остановить 1C
провести на сиквеле регламентные процедуры

+ возможно у баз полный режим и давно не резали лог + диск дефрагментирован

Как раз недавно обрезали лог, и поставили режим simple( кстати тормоза появились после этого, хотя конечно вряд ли это как то связано). Не понял, что за счетчики вы имеете ввиду?

(5) [что за счетчики]
производительности конечно

если сиквел не есть RAM, то либо настроен, криво либо дисковая подсистема тормозит

На счетчиках дисковой подсистемы все ровно, на sql показывает высокую активность, но в пределах нормы,
sql в настройках никто особо не ломал - делали минимальные настройки для работы с 1с

(7)[На счетчиках дисковой подсистемы все ровно, на sql показывает высокую активность]

т.е. при 100% загрузке CPU сиквелом нет свопинга ?
тогда смотрите детальные счетчики сиквела по кэшированию и размеру очередей

Выделение памяти под файл подкачки 4.5 ГБ, так что свопинг видимо есть

(9) свопинг надо смотреть с счетчиках
в момент 100% загрузке CPU сиквелом последний чем-то занят:
- то ли свопингует базу на диск/обратно
- то ли индексы строит
- то ли кэширует себя

заставь собственного админа разобратьяс
если админа нет
сними счетчики и на Тринити
что и как снимать тма расписано
http://3nity.ru/viewforum.php?f=40&start=0&sid=6816034d0a15dffe2e9c4f2026a9f422