Имеется РИБ на 11 узлов и Центр. база только принимающая данные, в связи с большой удаленностью узлов и "высокой" компетентностью сотрудников обновления конфигураций могут затягиваться на несколько недель. Возможно ли отключить проверку идентичности конфигурации в ЦБ, т.к. приходиться делать оперативные доработки (отчеты, изменение интерфейса и т.д.) не влияющие на работу механизма РИБ в ЦБ?

нет

но можно выгрузить и передать объекты зарегистрированные для передачи другим способом.. если в этих объектах не менялась структура данных - а именно  порядок реквизитов и их тип, на той стороне они легко загрузятся даже при отличии самой конфы вцелом.

скрипт с БСП для обновления базы, у меня из 25 удаленок 2-3 не обновляется по разным причинам, их и руками не сложно.