Как определяется какие объекты выгружать?

планы обмена

То есть? Уточни вопрос.

у кого в плане обмена Авторегистрация - Разрешить признак стоит

или если запретить тогда

событие ПередЗаписьюДокументаДляОбменаПоОрганизации для обмена по организации чаще всего

или если с торговлей тогда событие ПередЗаписьюДокументаДляОбменаТорговляБухгалтерия

(2) ну, очевидно что нужно выгружать все новые объекты. А также, все измененные. Как и куда это сохраняется?

(3) ага, точно. Спасибо! пойду раскуривать работу с Планами Обмена)

у каждого типа в конфиграторе соответствет таблица
Например Номенклатура - Номенклатура .Изменения

в конструкторе запросов могеш глянуть, кнопка с карандашет над конфигурацией

реквизиты Узел, НомерСообщения, Ссылка

в общих чертах: http://v8.1c.ru/overview/ObmenMain.htm
и ту вот пример из разряда "сделай сам": Книга знаний: УРБД на v8 за четыре шага.