Версия 1С 8.2.13.219
строка в ярлыке

"C:\Program Files\1cv82\common\1cestart.exe" enterprise /S "vm-1cv8app4\fk_samples" /RunModeOrdinaryApplication

Чтобы я ни делал, запускается так только тонкий клиент, а мне нужно Толстый клиент (обычное приложение).

а. в конфигураторе режим запуска 1С - Толстый клиент (обычное приложение);
б. ключ запуска /RunModeOrdinaryApplication.

В какой еще бубен шаманить?

(0) прописать путь к exe нельзя ?
"C:\Program Files\1cv82\8.2.12.96\bin\1cv8.exe" ENTERPRISE ...

(1) крайне плохо :( при смене релиза менять все ярлыки всех пользователей как-то не хочется.

У пользователей на закладке прочее поставил режим запуска "Обычное приложение" - не помогает.

(2) а придётся,
храни командный файлик  на сервере

(4) как все сыро.. а что за командный файлик? не понял вашу идею.

Если много баз, в командном файле можно сделать вызов другого командного файла в котором прописан путь к каталогу 1с:

set path = "C:\Program Files\1cv82\8.2.12.96\bin\"

а сам вызов сделать проще:

call ДругойКомандныйФайл.cmd
1cv8.exe enterprise /S "vm-1cv8app4\fk_samples" /RunModeOrdinaryApplication

+(6) У пользователей в ярлыках пропиши этот общий командный файлик который на всех один, а меняй только путь в другом командном файле, который тоже только один.

(5) делаешь командный файл
выкладываешь на файловый сервер
ярлык на рабочий стол юзерам

файл один и править его нет проблем